Les projets de la FHU se divisent en 6 sous-ensembles de travaux appelés « workpackages », dont 3 WP transversaux (4,5 et 6),
- WP1: Troubles du spectre psychotique et autistique
- WP2: Troubles anxieux et dépressifs
- WP3: Troubles addictifs et pathologies duelles
- WP4: Phénotypes digitaux et nouvelles technologies
- WP5: Enjeux éthiques et réglementation de la recherche en santé mentale
- WP6: Enseignement et formation
